随着功效监管时代到来，微生物超限这一化妆品抽检中频发的问题，需要引起警惕。从配料、生产、罐装、分装等环节，微生物管控作为化妆品生产的基本盘，体现了一家企业最基本的门槛。一旦“超限”，轻则罚款，停业整顿，重则吊销化妆品生产许可证。化妆品卫生问题不容小视。使用者在眼周、嘴唇等部位涂抹遭污染化妆品尤其皮肤有破口时，可能导致皮肤感染甚至败血症。
化妆品原料微生物污染化妆品原料通常以天然动植物成分、矿产粉剂、色素、离子交换水等为原料，其中某些化妆品富含丰富的营养成分和水分，这些原料有利于微生物的生长繁殖，很容易被微生物细菌污染。化妆品生产过程中使用的原料、容器和制作过程中均可受微生物污染，尤其在灌装过程更易受污染。
化妆品含有适合微生物生长的成分，而且受安全性的考虑防腐剂的使用受到许多限制。因此它在控制微生物污染这个问题上与医药品、食品有不同的要求。
由于化妆品中富含各种有效成分，为微生物的生长提供了一个良好的环境，而且化妆品生产和使用过程中难免会有微生物的侵入。
1、生产过程污染。（从原料到产品）又称一次污染，化妆品的原料污染是一次污染的最大原因。极易受微生物污染的原料为天然的动植物成分及其提取物，如从动物内脏和组织提取的明胶、胎盘提取液，中草药中的当归、芦荟、人参及其提取液等。这些原料来源于自然且营养成分丰富，极易受外界微生物污染。被微生物污染可能性大的其它原料有：增稠剂、天然胶质、粉体、离子交换水、表面活性剂等。其中特别应注意的是水，化妆品生产中主要是采用离子交换水，由于除去了活性氯，易被细菌污染。
化妆品车间消毒2、设备、生产用具污染。如储存罐、搅拌器、研磨机、灌装设备等，都可能积聚微生物。
3、生产环境中受到污染。空气中的微生物主要是由于地面的尘埃飞扬进入空气中；此外人的生产及日常活动，可使大量微生物进入空气中。
（1）厂房空气污染。厂房空气中有相当数量的耐干燥的细菌、酵母菌及霉菌孢子，从空气中可分离到芽胞杆菌、梭状芽胞杆菌、葡萄球菌、链球菌、棒状杆菌等细菌种类；还可分离到青霉、曲霉、芽枝霉、茁霉、毛霉及酵母等。
（2）生产人员。人体正常状态下带有无数的微生物，这些微生物可从生产人员身上带到制剂中。
为了预防化妆品遭受细菌、霉菌、酵母菌等微生物污染，对化妆品生产车间进行杀菌消毒。必须清楚产品的生产流程，从而有针对性的定制消毒方案，选用最合适的消毒产品。